Il nucleo originario del patrimonio della Sezione di Filosofia è costituito dalle collezioni sorte all’interno degli Istituti allora di riferimento grazie ai docenti afferenti, titolari dei vari insegnamenti, e ai loro gruppi di ricerca: filosofia teoretica (Enzo Melandri), filosofia morale (Nicola Matteucci, Franco Polato), filosofia antica (Giuseppe Masi), filosofia della storia, filosofia della religione, logica (Alberto Pasquinelli), storia della scienza (Giorgio Tabarroni), storia della filosofia (Antonio Santucci), filosofia medievale (Dino Buzzetti), estetica (Luciano Anceschi).
A questa collezione si sono aggiunti nel corso degli anni diversi fondi ricevuti in dono. Il primo, a metà degli anni ’90, è stato il Fondo Battaglia che comprende più di 10.000 volumi della biblioteca privata del professore ed ex-Rettore Felice Battaglia, tra cui opere autografate.
A questo ha fatto seguito la Donazione Ferriani – sezione Epistemologia, ospitata nella sala di consultazione. Contiene le ultime acquisizioni di epistemologia, dono della dott.sa Brandinelli, vedova del Prof. Ferriani, che partecipò attivamente alla progettazione della nuova sede unificata della Biblioteca, all’inizio degli anni ’90.
Negli anni successivi hanno arricchito il patrimonio della biblioteca i fondi Cassoli, Lucarelli, Picardi, Schiavo, Dionigi e Shapin.
Fa parte delle collezioni della biblioteca anche una piccola sezione di libro antico, collocato in Sala Apollo, che contiene cinquecentine e prime edizioni a stampa di opere rare.
Il patrimonio della biblioteca è costantemente arricchito dalle acquisizioni di opere di riferimento per la didattica e la ricerca nell'ambito delle scienze filosofiche e di altre discipline umanistiche e scientifiche a esse correlate.